Costituiscono la "sezione pinacoteca". Si inizia entrando nella sala 4 e procedendo a sinistra, spiccano due tavole dipinte a tempera che raffigurano la Natività e la Flagellazione, opere in origine ospitate nel Monastero atriano di S. Pietro, abbattuto nei primi anni Sessanta. La loro attribuzione è incerta: dopo Ferrando Yànez de la Almedina e Pedro de Aponte (artisti spagnoli operanti in Italia tra fine Quattrocento e inizi del Cinquecento), più recenti studi avrebbero portato a identificarne come autore l'anonimo Maestro della Collegiata di Bolea (fine sec. XV) o addirittura imprecisati Maestri italiani dell'epoca, come risulterebbe da diverse particolarità pittoriche che in esse si riscontrano. Si prosegue con la Madonna col Bambino e i Santi Biagio, Francesco, Antonio, Caterina, Bernardino, Reparata, tavola risalente agli inizi del Cinquecento e vicina ai modi dì Antonio Solario detto "lo Zingaro"; due portaceri con aquile araldiche in legno intagliato e dipinto (sec. XVII); la statua di S. Antonio abate (sec. XVI) in legno scolpito dorato dipinto; il polittico Madonna col Bambino e S. Giovanni Battista, S. Pietro, S. Paolo e S. Giovanni evangelista (arte abruzzese di fine sec. XV); il trittico ligneo Madonna con Bambino e i Santi Giovanni Battista e Biagio (arte veneto-friulana degli inizi del sec. XVI), nella cui predella vi è la raffigurazione dì Cristo e i dodici Apostoli; l'ancona con San Giacomo e diciotto episodi della sua vita, opera della Bottega dei Moranzon, mentre la predella mostra dodici figure di Santi e Sante, attribuite a Jacobello del Fiore (Venezia, notizie 1394 ca. - 1439). Prima di accedere alla sala successiva, sì ammirano sulla destra la tela seicentesca Madonna col Bambino (copia da Lelio Orsi: Madonna della Ghiara, 1569) e la scultura Madonna col Bambino del sec. XIII, in legno scolpito in origine policromato, realizzata da un intagliatore dell'area umbro-abruzzese.
La seconda parte della pinacoteca (sala 5) si apre con due altarini in legno scolpito con tele del sec. XVIII
raffiguranti rispettivamente la Maddalena e S. Giovanni. A seguire, alcune opere del Seicento: le sculture lignee di S. Pietro e S. Paolo; la Madonna con Bambino e i Santi Benedetto e Bernardo, pala d'altare attribuita a Francesco Allegrini; la statua di S. Reparata, in legno policromo scolpito e dorato. Sulla parete di fronte: una pala d'altare raffigurante la Resurrezione, opera di fine sec. XVI, e la Deposizione, olio su tela di un artista napoletano, ancora databile a fine Cinquecento.
Passando alla sala 6, a destra si ammira un tabernacolo in legno intagliato dorato e dipinto: datato al sec. XVII, proviene dalla Chiesa di S. Giovanni Battista. Si prosegue quindi con le seguenti opere: un olio su tela raffigurante la Vergine, S. Anna e S. Gioacchino, arte fiorentina del primo ventennio del sec. XVII; due dipinti, "S. Francesco" e "S. Leonardo", attribuiti al pittore umbro Ippolito Borghese, attivo nell'Italia meridionale dagli ultimi anni del sec. XVI; un altro olio su tela con la Sacra Famiglia e i Santi Ignazio da Loyo/a e Girolamo, opera di Gerolamo Cenatempo, noto in Campania tra gli anni 1705-1740; la statua della Madonna Immacolata, in legno scolpito e dipinto, riferibile alla Scuola napoletana dì fine sec. XVIII. Sulla parete di fronte: il dipinto La cattura di Cristo, copia speculare di G. F. Barbieri da un'incisione di G. B. Pasqualini (1621), a sua volta desunta da un originale del Guercino (conservato nel Fitzwilliam Museum di Cambridge); un olio su tela col Beato Francesco Ronci, arte abruzzese del sec. XVIII.